植物rna提取结果分析(植物RNA提取)

PsRobot:植物MicroRNA分析系统介绍官网：http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/
PsRobot是中国科学院遗传研究所王课题组的研究成果。主要实现小RNA的作图、miRNAs前体和成熟体的预测、降解群的分析。它在5出版，到25元、7元、17元结束，Google scholar已经引用了91元次(有很多关于Nature、Sicence的文章)。psRobot的网站有498，139次统计访问，13，603个独立IP号和321，001个分析任务。
注：本文第一部作品吴华军博士在哈佛读博后，已经完成了本软件的本地版编程。合著者马迎科博士负责本软件的webserver的开发和维护(兼职于易翰博，最新发表的博文NGS basic Kramp-Karrenbauer参考基因组和基因注释文件)；第三，盛鑫宝典创始人陈彤博士负责本软件的本地版本部署；我参加了当年的软件测试工作，我的名字在文末的感谢部分。
功能概述本程序主要分为在线版和本地版，但功能并不完全相同，即适合生物学家在线分析和专家本地大规模分析。网络版的主要功能
小RNA前体的预测：新miRNAs的预测：基于测序的小RNA和参考基因组；http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/stemloop_1.php:小RNA靶位点的预测基于新发现或发表的小RNA，预测特定物种转录物中的靶位点。omics lab 3358号。genetics.ac.cn/psrobot/target _预测_ 1 yuan.php很容易操作。你只需要上传或输入待分析的小RNA或mRNA序列，选择对应的物种。使用方法在此不再赘述。第一次用网站里的Demo看测试数据格式和输出结果，快速上手。本地版的主要功能本地版主要分为四个功能模块：
PsRobot_map:将mirnas映射到参考基因组；用C语言写的，虽然不支持错配，但是对于小RNA应该足够了。PsRobot_mir:预测新的miRNAs基于测序的小RNA和参考基因组；PsRobot_tar:预测转录本中小RNA的靶位点。PsRobot_deg:降解群分析，预测目标位点的进一步实验验证。该软件用于分析近年来发表在《自然》和《科学》杂志上的小麦小RNA。而且这个软件也被很多大公司作为标准分析方法采用，比如华大基因、诺和致远、易翰博等。
方法使用最新的帮助文件下载http://lab.genetics.ac.cn/psrobot/program/web组学服务器/PS robot _ manual _ ONG SEONG WU 1.2 yuan.pdf。本文主要介绍本地版本的安装和使用。这个月用的软件。安装使用请参考本文，比官方文档更新。本文主要讲解使用本地版本的例子，并以复杂的大麦为例，使用第一个侏罗纪世界3模块进行序列比对、新miRNAs预测和靶位点预测。
在Ubuntu 16.04 #上视软件mfold3.6元安装wget http://unafold.rna.albany.edu/download/mfold-3.6.tar.gztar xvzf mfold-3.6.tar.gz CD m fold Kramp-karren Bauer 3.6元/。/Configuremakesudo make installnafund # itwork # PS robot软件安装Psrobot _ 1.2元，SEONG WU。tar.gztar xvzf psrobot _ 1.2元，SEONG WU。tar.gzcd./psrobot _ sudo，1.2元，成武。/configuremakesudo make安装源/mnt/bai/public/。bashrc安装问题参考Linux学习Kramp-Karrenbauer命令运行监控和软件安装Linux学习Kramp-Karrenbauer环境变量和可执行属性。
原始数据格式转换和映射#干净的可溶性核糖核酸法斯特克文件转换为软件要求格式无样品序列/样品。FQ。gz | grep ‘^[agct]’ | sort-parallel=8 | uniq-c | sed ‘ s///’ | awk ‘ { print $ 2 ‘ \ t ‘ $ 1 } ‘ seq/sample。srna #多样品合并、按每分钟转数丰度和长度选择，需要此步脚本分享教程至朋友圈并联系微信永新六索要sRNA_merge.pl -i ‘seq/* .sRNA岛温度/合并。sRNA -r 1 -s 18 -l 26#转换可溶性核糖核酸序列为序列相似性搜索工具格式awk ‘ { print ‘ ‘ NR ‘ _ ‘ $ $ 2 ‘ \ n ‘ $ $ 1 } ‘临时/合并。srna临时/合并。fa # fasta格式转换为psRobot要求格式awk ‘ {打印编号’ _’$2，$ 1 } ‘临时/合并。srna临时/合并。psmap #将可溶性核糖核酸格式转换为PS地图#比对序列至参考基因组PS机器人_贴图温度/合并。PS图大麦。fa临时/合并。PSP映射新核糖核酸的预测# 一定要新建目录，会生成很多文件mkdir -p psRobotcd psRobot#基于所有样品可溶性核糖核酸和基因组预测新miRNA，运行时间长，建议后台运行nohup psRobot_mir -s./temp/merge.sRNA -g./barley.fa bg结果会有3个文件，如下：
最终_预测miRNA_samp .StarInfo包括预测的核糖核酸基本信息# 1ID _ loci number _ loci order _ Length _ Count 2 miRNA 3 no米尔纳。簇4 miRNA * 5 miRNA * Seq 6前体位置7前体Sr 15842 _ 1 _ 1 _ 21 _ 419 TAAGATTTGTAGGTGATTGGG 1-bgh _ dh14 _ v 3.0 _ super catig _ 0054643:163257:163338933333333333: gatttttttgttg结构清单包括预测的二级结构信息，如Sr20904_5_3_22_1342||91||10为样品ID，后位有数字为其上或下游碱基的数量，即其在前体中的位置；-24.10为折叠自由能；下面的为二级结构图。序列一结构1 Sr 20904 _ 5 _ 3 _ 22 _ 1342的折叠碱基一至123 | | 91 | | 10dg=-24.10 10 20 30 40 50 60 aaattggattagaatt t c-a-| TTA AC cattaa GTC gt tgc att TCT CGT CGT TGT c TCC GCT act CT \ CGG taacg TAA gga gcg acag agg TGA TGA TGA TGA ga aaaggatt-t最终_预测_miRNA .读有每个核糖核酸区详细的绘图结果。
Sr 30070 _ 6 _ 1 _ 19 _ 4858 chr1H | 13342638 | 13342638 | 13342638 | 13342720 | cggcagctgctcggcggcagggctgtccggcgcgctctcgtcgtccgcggcgggcgtgctcgcgcgcggtcggtcggtcggtgacgcgcgtt 8820 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 19 4858-ctcggggcgggcggggcgggcg靶基因的预测此步需要序列相似性搜索工具格式的核糖核酸序列，可以是数据库上发表已知的，也可以是上面预测的。本文以上面预测的核糖核酸为例，靶基因库为物种的互补脱氧核糖核酸序列。
激光唱片.# 筛选新miRNA cut-F2 Final _ PreDict _ miRNA _ samp .StarInfo | sort | uniq | awk ‘ { print ‘ ‘ NR ‘ \ n ‘ $ 0 ‘ } predict _ mirna。fa #进行靶位点预测nohup PS机器人_ tar-s预测_ miRNA。fa-t temp/barely _ cdna。fa-o临时/合并_ miRNA _勉强。GTP-p 20 BG输入核糖核酸和cDNA，输出鸟苷三磷酸文件可较少的查看，支持多线程，运行时间长，建议后台运行。结果示例如下：
6429 _ 311得分： 2.5 hor vu 1 hr1g 055350.18 cdna染色体： HV _ IBSC _ PGSB _ v 2: chr 1h :405769196:405773487:-1基因：HORVU1Hr1G055350基因_生物型：蛋白编码转录本_生物型333333降解组数据分析最近没做这方面的分析，需要使用的看帮助文档就行了，写的已经非常详细了。
参考文献[吴，马，陈t，王，王。(2012) PsRobot:一个基于网络的植物小核糖核酸荟萃分析工具箱。核酸研究：10.1093。](http://NAR . Oxford journals . org/content/40/W1/W22)